У Сектору за здравствену заштиту обављају се послови који обухватају: очување и унапређење здравља грађана и праћење здравствених потреба становништва, као и организацију здравствене службе; израду нацрта закона и других прописа из области здравствене делатности и заштите становништва од заразних болести; спровођење поступка располагања непокретностима у државној својини; спровођење поступака утврђивања подручја које се сматрају бањом;  стручну обраду системских и других питања који се односе на праћење и проучавање стања у здравственој служби у погледу врсте и територијалне распоређености здравствених установа и приватне праксе, кадровске обезбеђености, обима и садржаја рада, опремљености, као и праћење здравствених технологија; послове везане за праћење квалитета здравствене заштите; организовање и деловање здравствене службе у елементарним и другим већим непогодама и ванредним приликама, као и за случај рата; спровођење Закона о Црвеном крсту и Коморама здравствених радника; давање инструкција, сарадња са факултетима здравствене струке и Републичким заводом за здравствено осигурање; праћење и анализа најважнијих показатеља здравственог стања становништва на националном нивоу; праћење и анализа распрострањености и кретања хроничних масовних незаразних болести и заразних болести; анализа фактора ризика за здравље становништва који произилазе из навика и понашања становништва и услова животне и радне средине; израда пројеката и посебних програма из области програмске здравствене заштите; организовање обележавања значајних датума према календару Светске здравствене организације; координација послова везаних за приступање Европској унији; праћење спровођења обавеза Министарства у процесу европских интеграција; ажурирање података о усвојеним законима, који су усклађени са прописима Европске уније у јединствену базу података; пројектно планирање и управљање реализацијом пројеката из претприступне помоћи; (Инструмент за претприступну помоћ); припрема и уговарање пројеката са представницима Еуро региона и представницима других земаља; остваривање билатералне сарадње са представницима земаља Европске уније и других земаља; сарадња са Канцеларијом за придруживање Европској унији у области европских интеграција из области здравства као и са другим владиним институцијама, европским институцијама и министарствима држава чланица Европске уније; припрема, уговарање и спровођење пројеката са међународним здравственим организацијама и другим међународним организацијама, као и сарадња са овим организацијама; сарадња са хуманитарним и другим организацијама кроз уређивање, праћење и расподелу хуманитарне помоћи и друге послове из делокруга Сектора.

У Сектору за за здравствену заштиту образују се следеће уже унутрашње јединице:

1.1 У Одељењу за здравствену заштиту обављају се послови који обухватају: израду нацрта закона, других прописа и аката из делокруга Сектора; давање инструкција, стручних упутстава везаних за примену закона у области здравствене заштите и заштите становништва од заразних болести, сарадња са факултетима здравствене струке, Републичким заводом за здравствено осигурање; израду елабората, студија и програма у области организације, рада и развоја здравствене службе; праћење и проучавање стања у здравственој служби у погледу територијалне распоређености здравствених установа; одређивање референтних здравствених установа, давање мишљења у поступку располагања непокретностима које користе здравствене установе у државној својини; спровођење поступка утврђивања бањског подручја; учешће у раду и сарадња другим државним органима, невладиним организацијама, као и са међународним органима и организацијама; спровођење Закона о Црвеном крсту и Коморама здравствених радника; праћење и анализа најважнијих показатеља здравственог стања становништва на националном нивоу; праћење и анализа распрострањености и кретања хроничних масовних незаразних болести и заразних болести; анализа фактора ризика за здравље становништва који произилазе из навика и понашања становништва и услова животне и радне средине; израда пројеката и посебних програма из области програмске здравствене заштите; организовање обележавања значајних датума према календару Светске здравствене организације и друге послове из делокруга Одељења.

У Одељењу за здравствену заштиту, образују се следеће уже унутрашње јединице:

1.1.1. У Групи за организацију здравствене службе обављају се послови који обухватају: израду нацрта закона и предлога подзаконских аката из делокруга Групе; организацију рада здравствене службе; планирање броја, структуре, капацитета и просторног распореда здравствених установа у државној својини; координацију рада заштитника пацијентових права у здравственим установама; координацију послова везаних за полагање стручних испита здравствених радника и здравствених сарадника; координацију послова који се односе на традиционалну медицину и друге послове из делокруга Групе.

1.1.2. У Групи за праћење рада здравствене службе и унапређење квалитета здравствене заштите обављају се послови који обухватају: израду нацрта закона, других прописа и аката из делокруга Групе; давање мишљења, односно давање сагласности на статуте здравствених установа у државној својини према којима оснивачка права врши Република; спровођење поступка статусних промена здравствених установа; праћење и унапређење квалитета здравствене заштите; стручну обраду питања која се односе на обим и садржај рада, опремљеност, као и праћење здравствених технологија и друге послове из делокруга Групе.

1.1.3. У Групи за праћење људских ресурса у систему здравствене заштите и  рада стручних тела и комисија на нивоу Републике обављају се послови који обухватају: израду нацрта закона, других прописа и аката из делокруга Групе; израде плана развоја кадрова у здравству; образовање и праћење рада стручних тела и комисија; спровођење поступка за добијање назива примаријус; припрему предлога за именовање органа управљања у здравственим установама чији је оснивач Република; стручно усавршавање здравствених радника и здравствених сарадника; послове организовања службених путовања у иностранство и припрему стручних платформи и друге послове из делокруга Групе.

1.1.4. У Групи за јавно здравље и програмску здравствену заштиту обављају се послови који обухватају: праћење и анализу најважнијих показатеља здравственог стања становништва у Републици Србији; праћење и анализу распрострањености и кретања хроничних масовних незаразних болести и заразних болести; анализу фактора ризика за здравље становништва који произилазе из навика и понашања становништва и услова животне и радне средине; прикупљању и обради информација о параметрима исправности животних намирница, предмета опште употребе и јавног водоснабдевања и условима за њихову безбедну производњу и промет; израду пројеката и посебних програма из области јавног здравља и програмске здравствене заштите; организовање обележавања значајних датума према календару Светске здравствене организације и друге послове из делокруга Групе.

1.2. У Одсеку за за европске интеграције и припрему, спровођење и праћење међународних пројеката обављају се послови који обухватају: координацију послова везаних за приступање Европској унији; праћење спровођења обавеза Министарства у процесу европских интеграција; ажурирање података о усвојеним законима, који су усклађени са прописима Европске уније у јединствену базу података; пројектно планирање и управљање реализацијом пројеката из претприступне помоћи (Инструмент за претприступну помоћ); припрему и уговарање пројеката са представницима Еуро региона и представницима других земаља; остваривање билатералне сарадње са представницима земаља Европске уније и других земаља; сарадњу са Канцеларијом за придруживање Европској унији у области европских интеграција из области здравства као и са другим владиним институцијама, европским институцијама и министарствима држава чланица Европске уније; контролe спровођењa препорука ревизора и спровођење правила и принципа неопходних за успостављање и одрживост децентрализованог система управљања средствима из ЕУ; припрему, уговарање и спровођење пројеката са међународним здравственим организацијама и другим међународним организацијама, као и сарадњу са овим организацијама; сарадњу са хуманитарним и другим организацијама кроз уређивање, праћење и расподелу хуманитарне помоћи и друге послове из делокруга Одсека.