У Секретаријату Министарства обављају се послови од значаја за рад Министарства а везани су за кадровска, финансијска и друга питања, као и усклађивање рада унутрашњих јединица, остваривање сарадње са другим министарствима, посебним организацијама, као и друге послове из делокруга Секретаријата Министарства.
У Групи за финансијско планирање и припрему буџета обављају се послови који обухватају: израду нацрта закона и других прописа којима се уређује буџетско планирање и финансирање у здравству; израду предлога буџета и финансијског плана; планирање, прикупљање, обрада, израда критеријума и мерила за утврђивање приоритетних програма и пројеката који ће се финансирати из средстава буџета; утврђивање расхода за приоритетне програме и пројекте који се финансирају из средстава буџета; прикупљање и консолидација свих релевантних података којима се исказују реалне потребе за финансирање из средстава буџета; израда предлога свих финансијских докумената који се достављају Министарству финансија на сагласност у циљу извршења програма и пројеката; израда ребаланса буџета; давање предлога за прерасподелу средстава у оквиру програма; утврђивање предлога буџетског меморандума; израда базе података из надлежности Групе; сарадња са другим државним органима и организацијама, здравственим установама и факултетима здравствене струке, као и друге послове из делокруга Групе.
У Одсеку за економско-финансијске послове, обављају се следећи послови који се односе на извршење буџета за раздео Министарства здравља, који обухвата и Управу за биомедицину; припрема документације за плаћање по свим програмима и пројектима Министарства здравља, Управе за биомедицину у делу извршења буџета; праћење и контрола спровођења законитог, наменског и економичног трошења буџетских средстава према прописима којима је регулисано извршење буџета; планирање месечних квота, у апликацији Информациони систем извршења буџета – ИСИБ на порталу Управе за трезор, за све програме и пројекте Министарства здравља и Управе за биомедицину; праћење извршења буџета по свим програмима и пројектима Министарства здравља и Управе за биомедицину, у складу са законом утврђеним апропријацијама и квотама; провера исправности регистровања документације за плаћање у ЦРФ-у преко портала Управе за трезор; плаћање према иностранству, у систему за девизна плаћања – ДЕПП, за Министарство здравља и Управе за биомедицину; праћење и израда извештаја о реализацији буџета и финансијског плана по свим програмима и пројектима Министарства здравља и Управе за биомедицину на дневном, периодичном и годишњем нивоу; припрема документације и захтева за преусмеравање апропријација и промена квота у случајевима недостатка средстава на апропријацијама; провера и реализација трошкова службених возила; припрему документације за контирање и књижење у складу са контним планом и контним оквиром за буџетске кориснике; вођење помоћних књига и евиденција; усклађивање стања у књиговодственој евиденцији са стањем у евиденцији Управе за трезор; израде решења о укњижењу набављених основних средстава Министарства; преузимање документације и књижење донаторских рачуна; преузимање документације и књижење пословних промена јединица које су повезане са Министарством; припрему документације за обрачун плата и других накнада за лична примања запослених; припрему и обрачун документације за исплату путних налога за службена путовања у земљи и иностранству; припрему и обрачун документације за исплату уговора; израду периодичних и годишњих финансијских извештаја у складу са законским и подзаконским актима у области буџетског рачуноводства; комуникација са другим државним органима, здравственим установама, предузећима и другим организационим јединицама у оквиру Министарства, као и други послови из делокруга Одсека.
У Одељењу за правне, опште послове и управљање људским ресурсима обављају се послови који обухватају: правна обрада и обједињавање мишљења сектора на нацрте и предлоге закона и других прописа које припремају друга министарства, други државни органи и посебне организације; припреме одговора на тужбе за судске спорове; обављање послова везане за безбедност и заштиту здравља на раду; обавља послове везане за припрему и спровођење плана интегритета; припремање годишњег програма рада Министарства и годишњи извештај о раду Министарства; старање о примени закона којим се уређује тајност података; учествује у изради писаних процедура рада; сарадње са Повереником за информације од јавног значаја и Заштитником грађана; припреме Плана рада и Извештаја о остваривању Плана рада Министарства; припремање информације о раду Министарства; припремање одговора на захтеве тражиоца информација у складу са прописима о доступности информација од јавног значаја и израду информатора о раду Министарства; израда годишњег извештаја поверенику за информације од јавног значаја; развијање и унапређење система и процедура рада из области управљања кадровима; кадровско планирање и анализа испуњавања кадровског плана; селекција и избор кадрова; обука, вредновање радне успешности, награђивање и развој каријере државних службеника; припрема предлога решења и других аката о правима, дужностима и одговорностима државних службеника и намештеника; припрема предлога општег акта којим се прописује унутрашње уређење и систематизација радних места у Министарству; канцеларијско – евиденционе послове, као и друге послове из делокруга Одељења.